喧腾一时的林毅夫“叛逃案”，坊间一直流传他是抱着两颗篮球游泳到大陆。林毅夫和妻子陈云英去年3月接受媒体访问时否认此传闻，但对于如何从台湾游到大陆，没有清楚交代。“监委”叶耀鹏经过调查，认定林毅夫应是穿着救生衣长泳两千米登陆，台湾金防部其实一开始就知道，只是碍于面子，担心受到牵连和惩处，所以不敢承认。

这起案件由“监委”叶耀鹏申请自动调查，调查中发现，其实金防部在发觉林毅夫失踪之后，就发布雷霆演习，在全岛展开三天三夜大规模搜索，经过清查后，发觉连上短少的物品包括救生衣、指北针、急救包和军人补给证等。因此研判，林毅夫应该是穿着救生衣游到对岸。

由于林毅夫抱着篮球游到大陆的消息不胫而走，为了避免此事重演，军中风声鹤唳，下令官兵不准打篮球。因此有很长一段时间，篮球成为违禁品，即使后来恢复可以打球，打完球之后，也立刻把球放气，还必须统一保管，甚至连保特瓶都不准使用，成为两岸对峙年代，在金门前线的一段笑话。

“监委”调查过程还发现许多以往外界所不知道的细节，包括林毅夫“叛逃”时，军方已经在他下海处找到脱下的鞋子，当时鞋子上就写着“连长”两个字，所以金防部其实一开始就知道是“叛逃”，只是担心受到惩处，所以才以“失踪”处理，甚至还发放抚恤金给家属，并未发布通缉，一直到2002年台北县议员金介寿提告时才发布通缉。

“监委”叶耀鹏调查过程，曾经约谈一位军方高阶将领，当面询问他“惩治叛乱条例”废除之后，“中共是否还是我们的敌人”，这位将领想了半天，回答“监委”说“还是我们的敌人”，再追问原因，“因为大陆有武力”，在两岸关系大幅改善的同时，将领的回答让“监委”感到有些惊讶。

由于林毅夫涉及的“敌前逃亡”和“投敌叛逃”等罪行，法定追诉时效为20年，“国防部军法司”2002年也认定林所犯之罪，已经超过追诉权时效，无法再对其追诉。“监委”要求“国防部”2个月内研议定案，一旦确定超过追诉时效，军方发布的通缉令将失效，林毅夫就有机会回台湾亲自到父亲坟前扫墓。